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Les douleurs menstruelles sont bien connues, mais un autre symptôme touche silencieusement de nombreuses femmes : la migraine hormonale. Elle survient généralement au début du cycle ou dans les jours qui précèdent les règles. Si son origine est souvent attribuée aux fluctuations d'œstrogènes, de nouvelles recherches suggèrent qu’un acteur plus discret pourrait également entrer en jeu : le microbiote intestinal.
De plus en plus d’études explorent le lien entre flore intestinale, inflammation systémique, équilibre hormonal et santé neurologique. Dans ce contexte, les probiotiques - ces micro-organismes vivants bénéfiques pour notre santé - suscitent un intérêt croissant comme approche complémentaire pour atténuer les crises de migraine liées au cycle menstruel.
Ce que l’on sait des migraines menstruelles
La migraine cataméniale se caractérise par des douleurs pulsatiles localisées sur un seul côté du crâne, souvent accompagnées de nausées, de photophobie et d’un brouillard mental. Chez certaines personnes, elle est invalidante au point d’entraver toute activité pendant plusieurs heures, voire plusieurs jours.
Elle est déclenchée par la chute brutale des œstrogènes en fin de cycle, qui affecte la dilatation des vaisseaux cérébraux et augmente la sensibilité aux stimuli. Mais au-delà de cette cause hormonale directe, les chercheurs s’intéressent désormais à un ensemble plus large de facteurs de risque : inflammation chronique, perméabilité intestinale, fluctuations du microbiote ou déséquilibres du système immunitaire.
En France, près de 20 % des femmes concernées souffrent de migraines liées aux règles. (Source : Assurance Maladie, 2023)
L’axe intestin-cerveau-hormones : un nouveau terrain d’exploration
L’axe intestin-cerveau est aujourd’hui bien documenté : les bactéries intestinales peuvent influencer la production de neurotransmetteurs comme la sérotonine, modulant ainsi l’humeur, la douleur ou le sommeil. Or, une grande partie des migraines repose sur des mécanismes neuro-inflammatoires.
Près de 90 % de la sérotonine est produite dans le tractus gastro-intestinal. (Source : Mayer EA et al., Nature Reviews Neuroscience, 2015)
Mais cet axe dialogue aussi avec le système endocrinien. Certaines souches bactériennes sont capables de métaboliser ou de moduler les œstrogènes, ce qui peut affecter l’intensité et la régularité des symptômes menstruels. Ce lien tripartite entre intestin, cerveau et hormones est donc au cœur des hypothèses actuelles pour expliquer le lien entre déséquilibre intestinal et migraines liées au cycle.
Un microbiote déséquilibré, un terrain favorable aux crises

Chez les femmes migraineuses, des études ont mis en évidence une plus grande fréquence de troubles digestifs, une dysbiose intestinale (déséquilibre entre les bonnes et les mauvaises bactéries), et un niveau d’inflammation plus élevé. La perméabilité intestinale, parfois appelée « leaky gut », pourrait favoriser le passage de toxines dans la circulation sanguine, stimulant des réactions inflammatoires pouvant toucher le système nerveux central.
De plus, une faible diversité bactérienne ou un déficit en souches protectrices (comme les lactobacillus ou bifidobacterium) semble corrélé à une moins bonne tolérance aux variations hormonales.

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Probiotiques : quels effets sur l’inflammation et les hormones ?
Les probiotiques agissent à plusieurs niveaux : ils renforcent la barrière intestinale, modulent la réponse immunitaire, réduisent la production de cytokines pro-inflammatoires et participent à l’équilibre hormonal. Certaines souches spécifiques, comme Lactobacillus rhamnosus ou Bifidobacterium breve, ont montré un effet sur la sensibilité à la douleur, la réduction du stress oxydatif et l'amélioration du confort digestif.
Une étude parue dans Nutrients (2022) a observé qu’une supplémentation en L. rhamnosus et B. breve sur deux cycles permettait de réduire l’intensité des migraines menstruelles chez des femmes souffrant de crises fréquentes.
Des études cliniques ont également observé que certaines bactéries pouvaient réduire les symptômes liés à la prémenstruation (fatigue, douleurs, ballonnements), en contribuant à une meilleure élimination des œstrogènes excédentaires via le foie et l’intestin.
Les probiotiques peuvent-ils réduire les effets secondaires des traitements ?
Certaines femmes ont recours à une contraception hormonale ou à des traitements de fond pour atténuer leurs migraines. Ces traitements peuvent eux-mêmes perturber l’équilibre intestinal, en modifiant la composition du microbiote. Les probiotiques pourraient alors jouer un rôle préventif pour limiter les effets secondaires associés, notamment les troubles digestifs ou les inconforts liés au mode de vie sédentaire.
Alimentation et migraine : des pistes complémentaires

Les experts recommandent d’éviter certains aliments riches en histamine, en sucres rapides ou en additifs, qui sont parfois identifiés comme aliments ennemis déclencheurs de migraines. Les sauces industrielles, le chocolat, les fromages affinés ou encore les haricots rouges sont régulièrement mentionnés.
En parallèle, adopter des habitudes alimentaires riches en fibres, en oméga-3 et en aliments fermentés peut favoriser un microbiote plus résilient.
Focus : intestin irritable et migraines
Le syndrome de l’intestin irritable est souvent cité parmi les troubles associés aux migraines. Une co-occurrence fréquente a été observée chez les jeunes femmes, suggérant un terrain inflammatoire commun. Les probiotiques pourraient ici jouer un rôle central en apaisant l’inflammation, en régulant le transit et en réduisant les messages de douleur transmis au cerveau.
Intégrer les probiotiques à sa routine : quand et comment ?
L’effet des probiotiques ne se fait pas ressentir en une seule prise : une cure de 3 à 6 semaines est généralement nécessaire pour rééquilibrer le microbiote. Il est recommandé de choisir des produits contenant un nombre de micro-organismes suffisant (au moins 5 à 10 milliards par dose), plusieurs souches complémentaires, et une forme galénique adaptée (gélules gastro-résistantes ou gummies de qualité).
La Société Européenne de Gastroentérologie recommande une cure d’au moins 5 milliards d’UFC par jour pendant 4 semaines. (Source : World Gastroenterology Organisation, 2017)
Idéalement, la cure est entamée quelques jours avant les règles et poursuivie pendant toute la période menstruelle, voire sur plusieurs cycles pour un effet prolongé.

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